El general José Rodríguez Pérez quedó sujeto a proceso penal por el delito de delincuencia organizada, luego de haber sido señalado como uno de los presuntos responsables en los acontecimientos en la desaparición de los 43 normalistas de Ayotzinapa.
El juez Enrique Beltrán Santes dictó auto formal prisión al considerar válidos los cargos presentados por el Ministerio Público Federal.
El general Rodríguez Pérez fue el comandante del Veintisiete Batallón de Infantería con sede en Iguala cuando ocurrieron los acontecimientos en los cuales policías municipales de Cocula, Iguala y Huitzuco privaron de la libertad a los normalistas la noche de 26 de septiembre de 2014 y posteriormente los entregaron a miembros del cartel de Guerreros Unidos quienes presuntamente los habrían asesinado.
En agosto pasado, Alejandro Encinas, subsecretario de Gobernación en materia de Derechos Humanos, dio a conocer el avance de las investigaciones que realiza la Comisión Especial para el caso Iguala e indico que el general Rodríguez Pérez presuntamente estuvo involucrado en el homicidio de algunos normalistas días después de lo ocurrido el 26 de septiembre.
En 2014 Rodríguez Pérez ostentaba el grado de coronel y un año después fue ascendido a general. Con ese rango y tras conocerse que existía una orden de aprehensión en su contra se puso a disposición de las autoridades y permanece recluido en la prisión del Campo Militar no. 1.
El juez Beltrán Santes, titular del juzgado segundo de distrito de Procesos Penales Federales con sede en Toluca, Estado de México, también dictó formal prisión al capitán José Martínez Crespo y al sargento Eduardo Mota Esquivel, a estos por su presunta responsabilidad en los delitos de desaparición forzada y delincuencia organizada, también relacionados con los mismos hechos.
